Проблема с запуском приложений была вызвана выполнением программы CleanMyMac. Последовательность действий для её устранения следующая:
1. Перезагрузить компьютер и удерживать cmd+R (необходимо для того чтобы запустить Mac в режиме восстановления).
2. Затем выбрать переустановить OS X (все приложения, файлы пользователя и настройки будут сохранены).
3. Далее следуем указаниям на экране. Когда появится окно выбора дисков, необходимо выбрать диск на котором установлена текущая версия OS X.